Il 5 giugno 1224, all'età di 30 anni, Federico istituì con editto formale, a Napoli, la prima universitas studiorum statale e laica della storia d'Occidente, in contrapposizione all'ateneo di Bologna, nato come aggregazione privata di studenti e docenti e poi finito sotto il controllo papale.[8]L'università, polarizzata intorno allo studium di diritto e retorica, contribuì all'affermazione di Napoli quale capitale della scienza giuridica. Napoli non era la capitale del Regno, ma Federico la scelse per la sua posizione strategica ed il suo già forte ruolo di polo culturale ed intellettuale di quei tempi. Federico II, essendo un generoso mecenate, ospitò alla sua corte numerosi artisti che ebbero probabilmente modo di spostarsi con lui nei suoi soggiorni in Germania (a più riprese tra il 1212 e il 1226): ci fu infatti un contatto con le novità del gotico tedesco, che proprio in quegli anni produceva opere di rinnovato naturalismo come il San Giorgio a cavallo del Duomo di Bamberga (ante 1237, alto 267 cm), dove era raffigurato uno pseudo ritratto onorario dell'Imperatore stesso riprendendo l'iconografia delle statue equestri antiche. Inoltre Federico II invitò nel sud-Italia i cistercensi già nel 1224, i quali diffusero il loro sobrio stile gotico nell'architettura (abbazia di Murgo, dal 1224).
Oltre alla ricezione delle novità gotiche Federico promosse anche attivamente il recupero di modelli classici, sia riusando opere antiche, sia facendone fare di nuove secondo i canoni romani: per esempio le monete auree da lui fatte coniare (gli augustali) presentano il suo ritratto idealizzato di profilo, e numerosi sono i rilievi che ricordano la ritrattistica imperiale romana (al già citato Duomo di Bamberga, alla distrutta Porta di Capua, eccetera). In queste opere si nota una robustezza che ricorda l'arte romana provinciale, una fluente plasticità, come nei realistici panneggi, e gli intenti ritrattistici. Tra i rilievi superstiti della Porta di Capua esiste anche un Busto di imperatore: se si trattasse delle vere fattezze del sovrano saremmo di fronte al primo ritratto pervenutoci dell'arte post-classica, un primato altrimenti stabilito dal Ritratto di Carlo d'Angiò di Arnolfo di Cambio[11].
La seconda corrente predominante all'epoca di Federico, dopo quella classicista, fu quella naturalistica. Lo stesso Federico II nel De arte venandi cum avibus scriveva come si dovesse rappresentare le cose che esistono così come sono (ea quae sunt sicut sunt), un suggerimento che si può per esempio riscontrare nell'originalissimo capitello attribuito a Bartolomeo da Foggia e conservato al Metropolitan Museum di New York (1229 circa). In questa opera quattro testine spuntano dagli angoli, ma la loro raffigurazione è così realistica (nelle scavature degli zigomi, nelle rughe, nelle imperfezioni fisiche) da sembrare un calco da maschera mortuaria.
I frequenti movimenti di Federico, seguito dalla corte e dagli artisti, permisero la diffusione di uno stile sovraregionale, con opere di sorprendente similarità stilistica anche in aree molto distanti, come testimoniano, per esempio, gli ingressi di alcuni castelli fredericiani: i leoni scolpiti nel settentrionale castello dell'Imperatore di Prato sono identici a quelli di Castel del Monte in Puglia. Fu probabilmente con Federico II che arrivò in Toscana Nicola Pisano, citato nei documenti più antichi come Nicola de Apulia, alla cui corte avrebbe potuto trovare la sintesi tra gli stimoli classici e transalpini che caratterizzarono la sua rivoluzione figurativa.
